Ce projet pour une maison de vacances (1993-95), située en bord de mer dans une région dépeuplée du Japon, se compose comme un jeu d'emboîtement d'espaces. Deux structures tubulaires de type poteau-poutre, de forme cubique, s'imbriquent l'une dans l'autre et constituent l’ossature de la maison. Sur cet « espace noyau » viennent se greffer différents « espaces rattachés ». Le Nested-Cube se donne comme un « meta-space », espace métaphysique, alors que les espaces qui lui sont rattachés sont des « actual-space » (espace-réel), des espaces de vie. Cet assemblage récursif se constitue à la manière d’une progression géométrique, selon un théorème mathématique précis, le théorème d'Euler : n points - n lignes + n surfaces = 2. Une relation constante est ainsi mise en place entre les sommets, les surfaces et les arêtes au sein d'un corps euclidien. Le Nested-Cube est comme une image avec ses propres vues. Des miroirs placés dans la partie centrale réfléchissent le visiteur à travers tout le bâtiment. Yamashita mise ainsi sur des jeux de profondeur infinie où images, reflets et réalité n’ont de cesse de se superposer et de se confondre.